Zur Unterstützung erhält Tamino eine Zauberflöte und Papageno ein magisches Glockenspiel. Drei geheimnisvolle Knaben sollen ihnen zudem den Weg weisen. Papageno, der von Tamino vorausgeschickt wurde, erreicht Sarastros von Sonne und Hitze durchflutetes Reich und trifft auf Pamina. Diese wird gerade von dem finsteren Aufseher Monostatos bedrängt, doch Papageno schlägt ihn in die Flucht und gewinnt Pamina an seine Seite. Inzwischen haben die drei Knaben Tamino in Sarastros Tempelbezirk geleitet, wo er von einem Priester nach seiner Mission befragt wird. Von ihren Zauberinstrumenten geleitet, versuchen alle drei Abenteurer einander zu finden, werden aber jäh von Sarastros Ankunft überrascht. Mutig stellt sich Pamina dem gefürchteten Herrscher, als Tamino von Monostatos herbeigeführt wird. Prinz und Prinzessin erkennen einander, werden aber sogleich wieder getrennt, da Tamino und Papageno sich Sarastros Prüfungen unterziehen müssen.

Zweiter Aufzug

Sarastro will Tamino auf seine Seite bringen und offenbart der Priesterschaft, dass er den Prinzen zu Höherem auserkoren hat und Pamina ihm zur Frau bestimmt ist. Die Prüfungen beginnen mit einem Schweigegebot, was Papageno besonders schwerfällt. Als ihm die Priester aber eine ihm gleiche Gefährtin versprechen, willigt er murrend ein, sich der Aufgabe zu stellen. Inzwischen ist die Königin der Nacht mit ihren Mitstreiterinnen in Sarastros Tempel eingedrungen. Die drei Damen umgarnen Tamino und Papageno als ferngesteuerte Trugbilder und versuchen, deren Loyalität wieder für die Königin zurück zu werben, während diese ihre Tochter Pamina zu einem Attentat auf Sarastro anstiftet. Die Prinzessin bleibt mutlos zurück und Monostatos versucht, sich die Verzweiflung Paminas zunutze zu machen. Doch da erscheint Sarastro, der jede Form der Hinterlist und Rache verurteilt, von eigenen Hintergedanken jedoch nicht frei ist. Tamino und Papageno werden daraufhin noch einmal hart auf die Probe gestellt: Papageno erscheint ein altes Weib, das seine Geliebte sein will, während Taminos konsequentes Stillschweigen Pamina in eine Todessehnsucht treibt. Die Standhaftigkeit des Prinzen veranlasst Sarastro, Tamino zur letzten Etappe seiner Initiation zuzulassen, Pamina aber möchte ihrem kummervollen Leben nun ein Ende bereiten. Allein die drei Knaben vermögen es, sie vor dem Freitod zu bewahren und führen sie zu ihrem Geliebten. Gemeinsam trotzen Tamino und Pamina einer apokalyptischen Vision von Feuer und Wasser, Gewalt und Trauer – und bestehen so auch diese entscheidenden Prüfungen. Den allein umherirrenden Papageno zermürbt weiterhin seine Sehnsucht nach Liebe, doch auch ihm kommen die drei Knaben zu Hilfe und geben den entscheidenden Hinweis, um seine ersehnte Papagena zu finden. Monostatos hat sich indessen auf die Seite der Königin geschlagen und führt sie und ihre Damen in das Herz von Sarastros Heiligtum. Doch erneut werden sie überwältigt und sowohl Sarastro als auch die Königin – gleich, ob Sieger oder Verliererin –  beanspruchen die Wahrheit bis zuletzt für sich. Die  Thronfolger aber sind gerettet und blicken vereint einer selbstbestimmten Zukunft entgegen.